通常ボムチュウを最も早い段階で入手できる場所はボムチュウボウリングとボムチュウ屋であるが、どちらも開店の条件はドドンゴの洞窟をクリアすることである。しかし実際にはドドンゴの洞窟クリア前にボムチュウを入手することが可能であり、方法も複数存在する。
ボムチュウを早期入手する方法としてよく使われるのは井戸の底で入手する方法(井戸チュウ)と、ガノンドアを使ってガノン城へ行き、魂の結界で入手する方法の 2 つである。
時オカ裏限定だが、ジャブジャブ様のお腹でもボムチュウを入手することができる。ただしパチンコが必要。
それ以外の選択肢としてはゲルドの砂漠エリアにもいくつかボムチュウを入手できる場所がある。魂の神殿(子供側)とゲルドの修練場には、それぞれにボムチュウの宝箱がある。砂漠エリアには特定のアイテムがないと進めないよう、いくつか障害物が敷かれているが、どれもバグ技を組合わせれば乗り越えられるため、魂の神殿と修練場どちらも通常より早い段階で入ることが可能である(詳しくは魂の神殿侵入のページを参照)。通常版の時オカでは、修練場のボムチュウを子供で取るのはあまり現実的ではない。また、魂の神殿のボムチュウに関してはパチンコかブーメランがないとクリスタルスイッチの起動が難しくなり、その場合リザルフォスを利用してスイッチまでホバリングし、宝箱を出さなくてはならない。しかし時オカ裏ではどちらのボムチュウも簡単に入手できる。
砂漠でボムチュウを早期入手できる場所はもう 1 つあり、幻影の砂漠にいるじゅうたん商人から購入する方法だが、ボムチュウ 10 個で 200 ルピーのため、購入するには黄金のスタルチュラの印を 10 個集めて大人のサイフに拡張しておく必要がある。
最後のボムチュウ入手方法は、黄金のスタルチュラの印を 40 匹集めて報酬のボムチュウ 10 個を入手する方法である。ボムチュウを入手する方法としては最も効率が悪い。利用する場合はスタルチュラ増殖バグを使うとよい。
詳しくは井戸の底侵入のページを参照。
井戸の底に入ったら、何らかの方法を使って入り口近くの水の中にある小さな穴に入る必要がある。部屋の反対側に行きゼルダの子守唄を演奏すれば水位を下げることができるが、スピードランではハイラル城に行く前にボムチュウを入手した方が都合がいい事が多い。ウォーキング・ホワイル・トーキング(Walking While Talking)を使えばロードバグを発生させて水を消すことができるため、これを利用すればゼルダの子守歌なしで先へ進むことができる。
まず最初に鍵を入手する必要がある。鍵は入り口から右へ向かって角を曲がり、ニセ壁の奥にある宝箱を開けば入手できる。そして右手の通路を進むと小さい穴があるのでその穴に入る。ここで、穴を出たら「小さい穴を出るムービー」状態が解除される前に扉を開かなくてはいけない。扉を開く時のスティックの倒す方向は左下よりもほんの少しだけ下方向にする。動けるようになったらこの方向にスティックを倒し、ドアに向かってアタック、そして A ボタンを押して扉を開く。ボタンを押すタイミングとスティックの方向が合っていれば、扉が開く音がしたにも関わらず扉を開く前と同じ部屋にいるという状態になる。扉を開くのが遅れると通常通り奥の部屋に移動してしまう。
まず最初に鍵を入手する必要がある。鍵は入り口から右へ向かって角を曲がり、ニセ壁の奥にある宝箱を開けば入手できる。そして右手の通路を進むと小さい穴があるのでその穴に入る。ここで、穴を出たら「小さい穴を出るムービー」状態が解除される前に扉を開かなくてはいけない。扉を開く時のスティックの倒す方向は左下よりもほんの少しだけ下方向にする。動けるようになったらこの方向にスティックを倒し、ドアに向かってアタック、そして A ボタンを押して扉を開く。ボタンを押すタイミングとスティックの方向が合っていれば、扉が開く音がしたにも関わらず扉を開く前と同じ部屋にいるという状態になる。扉を開くのが遅れると通常通り奥の部屋に移動してしまう。
デドハンドを倒し、スタルチュラをロードし直した後は、最後のステップとして異空間に入り、見えない水の中を泳いでボムチュウの宝箱にたどり着かねばならない。壁すり抜けの方法はデクの実を使う方法と使わない方法の 2 種類がある。デクの実を使わない方法の方がよく使われ、ポーズバッファもやりやすく、また異空間内の水に入る時も水の上部分に入ることができる。デクの実を使う場合はポーズバッファ無しで行われることが多いが、異空間の水に入る時には低い位置まで落下してしまう。
壁をすり抜けると見えない水の中に入る。水の中に入る時には水の上部分に入る場合と、低い位置まで落下してしまう場合がある。水の上部分に入ると異空間内を歩き回ることなく直接ボムチュウまで泳いでいけるので、低い位置まで落下した場合と比べてはるかにメリットが多い。低い位置まで落下した場合は地面におりることになり、着地後は正しい位置に立ってボムチュウまで浮かびあがることになる。低い位置まで落下してしまうと遅くなる上難易度も上がるため、なるべく水の上の方に入るようにしたほうが良い。
デクの実を使う場合は、スタルチュラをデクの実で硬直させたあとツタから手を離し、スタルチュラの硬直が解除される瞬間にツタを掴み直す。デクの実は広間の中央の部屋にある宝箱から入手可能。
ボムチュウへ向かって泳ぐときに下へ落ちてしまっても、ボムチュウの宝箱がある小部屋の真下には見えない水が柱状に伸びているので、この水の中に入れば浮上することができる。まず、床に奇妙な模様のテクスチャがある場所へ向かい、テクスチャが尖った三角の形になっている場所を探す。するとこの三角形の先端から水の柱が縦に伸びているので、この水の中に入ってボムチュウまで浮上することになる。そしてバック宙で水の中に入り、そのまま 2-3 秒ほど浮上したら、Z を押しながら右下方向へ進む。ここでリンクがガクっと動いたら成功。これで床のすり抜けが発生したことがわかる。床をすり抜けたらさらにもう少し浮上する。するとボムチュウの小部屋が画面内に見えるようになるので、前へ進んで水から出て、ジャンプ斬りで小部屋に入る。
バック宙で水の中に入ると水の外に出てしまうことがあるが、もし外に出てしまった場合はもう一度バック宙からやり直す。床のすり抜けは時々うまくいかないことがある。その場合、右下にスティックを倒すタイミングを変えてもう一度やり直す。床すり抜け後の浮上時間が長すぎると中央の部屋に戻ってしまう。こうなってしまった場合はもう一度ロードバグからやり直すことになる。床の模様テクスチャは奥の方に乗るとダメージを受けるので注意すること。